Podlaska Agencja Zarządzania Energią została utworzona w czerwcu 2003 roku. Agencja jest afiliowana przy Podlaskiej Fundacji Rozwoju Regionalnego i posiada własny statut, Radę Agencji oraz Komitet Techniczny. Nadzór nad Agencją jest sprawowany przez niezależną Radę Agencji w skład której wchodzą przedstawiciele Samorządu Województwa Podlaskiego, Podlaskiej Fundacji Rozwoju Regionalnego, Podlaskiego Euro Info Centre oraz przedstawiciele organizacji przedsiębiorców, firm energetycznych i Krajowej Agencji Poszanowania Energii.